Первый эпизод третьего сезона «Героев» назван «Второе пришествие» (A second Coming). Первая сцена показывает нам будущих Клер и Питера. Клер стреляет в Питера, но тот останавливает время и исчезает. Нейтан умирает в больнице. Но когда Питер появляется там, он приходит в себя. Затем мы видим Хиро и Андо в Японии. Хиро получает диск, записанный его отцом.

На Клер нападает Сайлор, которого она не замечает. Затем мы переносимся к Мае и Мохиндеру. Он, наконец, понимает источник силы - адреналин. Хиро и Андо в это время смотрят диск, на котором старший Накамура говорит никогда не открывать сейф, но Хиро не был бы Хиро, если бы не открыл его. Отец на записи говорит: «Я же говорил тебе не открывать его». А там… чтобы вы подумали? А там половина секретной формулы, которую нужно беречь от всяких... кто миром править хочет.

И сразу же девушка по имени Дафна крадёт её, даже когда Хиро останавливает время. Затем мы переносимся на другое место действия… Мы видим Питера и Мэтта. Питер ищет оружие, но Мэтт останавливает его. Будущий Питер переносится в прошлое и говорит Мэтту, что он должен остановить Нейтана, так как будущее испорчено. Нейтан покидает больницу, но Питер следует за ним, чтобы убедиться, что его брат не говорит с репортёром.

Нейтан ничего не говорит, поэтому Питер не стреляет в него. Возвращение к Мохиндеру и Мае не приносит нам ничего особенного. Сайлар атакует Клер и вскрывает ей голову. Он говорит с Клер, чья голова вскрыта и… играет с её мозгами. Сайлар дразнит Клер в духе: «Собираюсь ли я это съесть» и тому подобное… Затем он говорит, что это отвратительно и не ест мозги. Он забирает её способности, а затем оживляет её.

Сайлар говорит ей, что она особенная, что она не может умереть… и он теперь тоже. Мая просит Мохиндера уничтожить формулу, с чем он категорически не согласен. Затем мы снова оказываемся в больнице вместе с Питером и Нейтаном. Старший Петрелли говорит, что сам Бог вернул его на землю обратно. Позже в больнице появляется Линдерман. Ники с губернатором? А вот и нет… Теперь это Трейси.

Паркмана мы застаём посреди пустыни. Хиро отправляется в будущее, видит горячо спорящих между собой будущих Хиро и Андо, когда Хиро собирается нанести Андо удар своим самурайским мечом, Андо взрывает Хиро и забирает формулу, после чего взрывается весь город. Тогда Хиро возвращается обратно, в прошлое,и говорит Андо, что они должны найти формулу. Мохиндер вводит себе полученную разработку. И снова мы возвращаемся в больницу... На этот раз мы видим Анджелу и будущего Питера. Она знает, что это Питер из будущего и говорит ему, вернуться обратно.

Мы узнаем, что Анжела может видеть будущее через сны. И Анжела сообщает Питеру, что знает - он попадёт на пятый уровень, как особо опасный. Наконец, мы видим Нокса, который кричит о том, что он Питер Петрелли. Ноя Беннета в соседней камере и других злодеев. Заключительная сцена. Мы видим Мохиндера… обладающего способностями…